令設(shè)檢察院、友愛寺。都察院由前明的都察院發(fā)展而來，主掌監(jiān)察、彈劾及建議。友愛寺掌刑獄案件審理，由前明大理寺發(fā)展而來。友愛寺、檢察院、刑部因同掌司法，合稱中央三司。
此外，大齊廢除前明官制六科給事中，廢除掌侍從，原先的諫諍、補(bǔ)闕、拾遺、審核、封駁詔旨等職責(zé)，由訓(xùn)導(dǎo)官負(fù)責(zé),御史亦被廢除。
在地方，大齊延續(xù)從元代便開始施行的行省制，仍舊為省、府、縣三級(jí)，省府縣三級(jí)主官由皇帝直接任免，縣以下為鄉(xiāng)、村，鄉(xiāng)村皆為農(nóng)會(huì)、商會(huì)選出代表直接管理。
大齊行政機(jī)構(gòu)，遠(yuǎn)期規(guī)劃為三京八十一省，三京為中京、東京、南京。
八十一省除關(guān)內(nèi)三十六省外、還有遼東四省、蒙古五省，朝鮮三省、倭國十省、安南國六省、真臘國三省、暹羅國六省、占城國三省、蘇門答剌兩省、爪洼國三省、湓亨國兩省、三弗齊國三省、渤泥國兩省····
其中，均州一帶的直隸府合稱直隸。
各省最高行政長官為巡撫，下有承宣布政使司、提刑按察使司和行都指揮使司
大齊與前明在軍事方面的差別，后文會(huì)詳細(xì)介紹，這里暫時(shí)不表。
太初三年三月，武定皇帝頒布詔令，委任原吏部侍郎葛業(yè)文為河南巡撫，南明降官路振飛為湖北巡撫，兩人在洛陽謝恩后,立即分赴開封、襄陽，走馬上任。
為加強(qiáng)對新占領(lǐng)區(qū)的統(tǒng)治，避免大軍東征朝鮮期間后院起火,各府州縣的官員都換成開原系老人，一大批從學(xué)堂畢業(yè)的訓(xùn)導(dǎo)官、商會(huì)學(xué)徒進(jìn)入府州縣衙門任職。
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