相比遼東各地可能面臨的饑荒，武定皇帝還有更棘手的問題亟需解決。
更麻煩的事情是瘟疫。
由于連日暴雨，加之渾河河水倒灌進(jìn)城，沈陽積水最深時，幾乎淹沒一半城門，連皇極殿都不能幸免。
水面漂浮著成百上千的家禽尸體，往日繁花似錦的南北大街宛若死域，等洪水退去，街道青石板被淤泥覆蓋，臭不可聞，蒼蠅與烏鴉到處亂飛。
老百姓們都把門窗封死，并非他們具備現(xiàn)代防疫知識，只是彌漫全城的腥臭味兒實在太難聞，即便三歲小兒也知道，多聞一口便要沾染瘟疫。
武定皇帝令工坊緊急趕制十萬只簡易口罩，民政官吏們挨家挨戶敲門給百姓發(fā)放，這種簡易口罩，其實就是兩層棉布，如果真有瘟疫，估計很難阻攔病毒傳播，它的心理作用要比實際作用更大。同時責(zé)令百姓非必要不得出門，若要出門，須提前向保甲報備。
當(dāng)然，對于在外活動的民政官和維持秩序的鎮(zhèn)撫兵，武定皇帝借鑒歐洲中世紀(jì)防疫心得，給他們佩戴一種鳥嘴面具，這種面具內(nèi)部藏有可以凈化空氣的香料和草藥（主要是魚腥草、甘草，小柴胡等），鳥嘴面具與后世防毒面具大同小異，在一定程度可以起到病毒防御功能，只是因為一副鳥嘴面具的造價太高，以大齊現(xiàn)在的財力，根本無法全面推廣。
洪水剛剛退去，戶部便與鎮(zhèn)撫兵聯(lián)合，組織大批人手，進(jìn)入沈陽北邊的七星山，采集艾草、金銀花、柴胡、黃芩、魚腥草、黃精、甘草等藥材。
這些藥材或用作熬制湯藥，給百姓服用，或直接點燃焚燒，煙熏臭不可聞的南北大街。
此外，兵馬司的官員在地勢較高的城北，空出了一大批民房，用來安置可能染上瘟疫的病人。
八月初十日，武定皇帝下詔，所有官員全部居家辦公，全城百姓非必要不得出門，每家所需果蔬柴米，由兵馬司和戶部官員統(tǒng)一配送，就這樣，劉招孫在十七世紀(jì)上半葉，在大氣帝國陪都，開始了帝國第一次封城。
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